├ヒストリアクロス
├パラダイムシフト
├シネマティックアクション
├仲間モンスター
├モーグリハント
├モーグリクロック
├モーグリ投げ
└マルチエンディング
●ヒストリアクロス
本作の”時を超えるストーリー”展開の中継ポイントとなる場所(画面)。
このヒストリアクロスを経由して各年代、各ワールドへ移動する。
ルートが枝分かれしていて、どのルートから攻略していくかを自由に選択することができ、
本編のストーリーには影響がないやり込み要素のエリアも多数用意されている。
●パラダイムシフト
前作から好評だったバトルシステムは、さらに洗練され、よりスピーディで戦略性の高いバトルへと進化！
パラダイムシフトとは大きなダメージを与えるアタッカーや回復役のヒーラーなど、
役割を戦闘中に変更するシステムのことである。
●シネマティックアクション
イベントとバトルを融合させた新要素。
コマンド入力の成功・失敗により、その後のバトルやイベントの展開が変化する。
●仲間モンスター
今作はある条件を満たした状態で特定のモンスターを倒すことによりそのモンスターが仲間になることがある。
モンスターはそれぞれアタッカーやブラスターなど役割があり、３体の仲間モンスターを戦闘中に交代しながら戦う。
●モーグリハント
フィールド探索中、近くにアイテムが隠されている場合、モーグリがその近くに飛んでいき、場所を教えてくれる。
R1を押すと、モーグリに周囲を調べてもらえる。
●モーグリクロック
モンスターをモーグリが感知すると、「モーグリクロック」と呼ばれるゲージとサークルが出現する。
モーグリクロックは、時間の経過と共に針が進んで行き、戦闘開始時、その針が指すゲージの色によって様々な効果が発生する。
●緑：敵に奇襲をしかけ、チェーンボーナスが発生等
●黄色：通常の戦闘
●赤：逃げきれてない場合、ATBゲージ０から戦闘開始
出現した敵から一定距離離れることにより、モーグリクロックとサークルは消え、バトルを回避できる。
●モーグリ投げ
モーグリ投げは、モーグリとの絆を深めることで使用することができるようになるモーグリの能力。
L1でモーグリをつかみ、狙いを定めてR1で投げると、遠くにあるアイテムを発見することがある。
●マルチエンディング
今作はヒストリアクロスの状況によってエンディングの内容が変わっていく。
ある時代の問題を全て解決してからだと変化する。などいろいろな条件がある。