舞台
ＦＦ１３では『グラン＝パルス』という大地があり、
空には『コクーン』という球状の空中都市がある。
グラン＝パルスには魔物が生息していて、危険な土地である。
そのため人々からは『下界』と呼ばれている。
そして人間は『聖府』と呼ばれる組織が管理する安全な空中都市に暮らしている。
ファルシとルシ
巨大なコクーンを作りだしたのは、『ファルシ』という人知を超えた物である。
ファルシはグラン＝パルスにもコクーンにも存在し、エネルギーを補給したり、天候を制御したりとたくさんの種類が存在する。
そしてコクーンに住む人々はファルシを生活の一部として利用している。
しかし、ファルシは人を呪って使命を与えることもあり、本作の主人公である『ライトニング』の妹の『セラ』が呪われてしまう。
呪われた人は『ルシ』と呼ばれ、体の一部に刺青のような烙印が捺される。
使命はその烙印がつくのと同時に『ビジョン』と呼ばれる脳内映像のような形でファルシから伝えられる。
ビジョンはその性質ゆえに具体的に使命がわかるものではないが、与えられた使命を一定期間内に達成しないと、体が『シ骸』と呼ばれる人型のモンスターになってしまう。
逆に使命を達成すると体がクリスタル化し、石化したように動かなくなる。
物語の始まり
セラは、ライトニングや恋人の『スノウ』の前で使命を達成してしまいクリスタルになってしまう。
ライトニングたちはクリスタルから元に戻す方法を見つけるため直接ファルシの元へ行くが、逆に自分たちがルシにされてしまう。
コクーンでは、ルシは聖府に見つかると捕まり、グラン＝パルスへ強制追放されてしまう。
しかし、ライトニングたちはそれでもクリスタル化したセラを救う方法をさがすというところからストーリーは始まる。
物語の結末
ファルシは人々に利用されているように見えたが、自らの目的のために、人間をルシに変えて利用していた存在だった…。
ＦＦ１３のラスボスにあたるファルシ＝オーファンがそれの中心であり、
そのオーファンを倒すことによって、エンディングでセラは無事クリスタルの姿から復活する。
しかし、コクーンを作ったファルシが死んだので、コクーンは力を失い落下しそうになったが、ヴァニラとファングがクリスタル化してコクーンを支えＦＦ１３の物語は終了する。